HJ-Split

HJ-Split - CNET Download.com
ファイルの分割・結合ができるソフト。フリーソフト。
分割すると、File.001　、File.002 、File.003 と言う風に拡張子が付きます。
逆に言うと、そういう拡張子の付き方をしてるのは大抵これで結合できます。

詳しくは分かりませんが、ファイルを単純に大きさで分割しているようです。
なので、結合だけならHJ-Splitを使わなくてもWindowsのコマンドプロンプトのCopyコマンドでできるようです。
私自身、HJ-Splitを使わずにcopyコマンドで済ませてしまう方が多いです。
具体的には
C:\>copy /b File.001+File.002+File.003 File
と言うような感じで打つとファイルが結合されます。
この時、同じファイル名を何度も打つのは大変なので、TABキーを押して補完機能を使いましょう。

また暗号化など無しの単純分割なので、分割したファイルが動画ファイルの場合、先頭の001の付いているファイルだけは結合前でもそのまま再生できるようです。